二級生物安全柜依據入口氣流風速、排氣方式和循環方式分為四個：A1型，A2型，B1型和B2型。
　　
　　A1型二級生物安全柜前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
　　
　　A2型二級生物安全柜前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。
　　
　　二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏如實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s（100fpm）。
　　
　　B1型二級生物安全柜70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至工作區。
　　
　　B2型二級生物安全柜為全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發性化學品和揮發性核放射物作為添加劑的微生物實驗。